فصل‌نامه پزشکی قانونی ایران، نشریه رسمی سازمان پزشکی قانونی ایران در حیطه تخصصی پزشکی قانونی است که مطالب نوین حوزه تخصصی پزشکی قانونی را به منظور ارتقای دانش پزشکان، حقوقدانان و پژوهشگران دربرمی‌گیرد. مجوز انتشار فصل‌نامه علمی-پژوهشی پزشکی قانونی در دی ماه ۱۳۷۲ از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی اخد و اولین شماره آن در تیر ۱۳۷۳ منتشر شد و تاکنون به صورت مستمر در حال انتشار است. این نشریه تا سال ۱۳۸۲ به صورت ماهنامه منتشر می‌شد ولی از ابتدای آن سال بنا به تغییر رویکرد به پژوهش، به صورت فصل‌نامه و با فرمت مقالات پژوهشی منتشر شده است. در آذر ماه ۱۳۸۲، این مجله موفق به اخذ رتبه علمی-پژوهشی از کمیسیون نشریات علوم پزشکی گردید. در حال حاضر زبان اصلی فصل‌نامه علمی-پژوهشی پزشکی قانونی فارسی است و چکیده کوتاه (۲۵۰ کلمه‌ای) و گسترده (۱۰۰۰ کلمه‌ای) مقالات به زبان انگلیسی نیز منتشر می‌شود.