Iranian Journal of Forensic Medicine
مجله پزشکی قانونی ایران
Iran J Forensic Med
Medical Sciences
http://sjfm.ir
11
journal11
1027-1457
2383-0034
fa
jalali
1389
5
1
gregorian
2010
8
1
16
2
online
1
fulltext
fa
بهینه سازی روش I-PEP و تأثیر آن بر نتایج حاصل از تعیین طرح واره با استفاده از تعداد اندک نسخه های DNA
Improvement in the I-PEP method and its effect on the outcome of low copy number DNA profiling
مقاله پژوهشی
Research Article
زمینه و هدف: تعیین طرح وارهی DNA (DNA Profiling) یکی از قدرتمندترین و قابل اعتمادترین ابزارهای تشخیص هویت در پزشکی قانونی است. هرگاه مقدار DNAحاصل از اجساد و بقایای مواد زیستی موجود در صحنهی جرم کم باشد (کمتر از 100پیکوگرم یا 33 نسخه)، تعیین طرح واره با مشکل مواجه خواهد شــــد. تکثیـــر تعــداد اندک نسخــههای DNA ، با استفــاده از روشهــای تکثیــر کل ژنوم (WGA) مانند روش خاص I-PEP PCR (Preamplification Improved Primer Extension) امکان پذیر است.
روش بررسی: با ارزیابی شیوه های موجود PEP و I-PEP بر روی رقت های متفاوت DNA، تلاش در جهت دستیابی به روش بهینه ای که با کمترین مقدار DNA الگو، طرح واره ای قابل اعتماد را ارائه دهد، انجام گرفت. این روش شامل نوعی PCR است که در آن از پرایمرهای 15 نوکلئوتیدی تصادفی استفاده میشود. به دنبال این روش، تکثیر اختصاصی DNA با پرایمرهای اختصاصی مختلف انجام شد.
یافتهها: پس از بهینه سازی روش I-PEP و تکثیر کلی ژنوم با روش جدید، که ما آن را PCR KI-PEP نامیدیم، تعیین طرح واره با تنها 5/2 پیکوگرم از DNA اولیه صورت گرفت. هم چنین با استفاده از پرایمر های اختصاصی، قطعه ای به طول 1106 باز به راحتی تکثیر شد.
نتیجه گیری: روش KI-PEP نه تنها توانایی تکثیر مقادیر کم DNA را دارد، بلکه با توجه به طول STR های موجود در کیت های مرسوم تشخیص هویت، طول مناسب برای تعیین طرح واره را نیز ایجاد می کند.
Background & Aim: DNA Profiling has become one of the most robust and reliable methods at forensic identification However, an insufficient DNA quantity (less than 100 Pg or 33 copies) found often in forensic evidence samples, is a major hindrance. Amplification of such low copy number DNA samples is attainable with the most efficient whole genome amplification (WGA) method, named improved primer extension preamplification (I-PEP) PCR.
Methods: By initial assessment of existing PEP and I-PEP methods on serially diluted DNA, it was attempted to reach an improved method leading to reliable profiling with the lowest amount of template. This method employs degenerate 15-mer PCR primers followed by specific amplification of DNA with specific primers.
Results: Subsequent to the amplification with the new modified and improved I-PEP, which we term KI-PEP PCR, complete DNA profile was obtained from only 2.5 pg of input DNA. Using this method, a fragment size of 1106 bp was effortlessly amplified with the specific primers.
Conclusions: The Utility of KI-PEP PCR not only increases the low quantity of DNA, but also provides the optimum length appropriate to DNA Typing techniques.
پزشکی قانونی؛ تشخیص هویت؛ تعیین طرح وارهی DNA؛ تکثیر کل ژنوم (WGA)؛ KI-PEP PCR
Medicine; Forensic Identification; DNA Profiling; WGA; KI-PEP PCR
107
117
http://sjfm.ir/browse.php?a_code=A-10-1-152&slc_lang=fa&sid=1
زهرا
ظفری
110031947532846001043
110031947532846001043
No
فائزه
رحیمی نژاد
110031947532846001044
110031947532846001044
No
سوده
کیان فر
110031947532846001045
110031947532846001045
No
آمنه
بندهی سرحدی
110031947532846001046
110031947532846001046
No
عاطفه
شیرکوند
110031947532846001047
110031947532846001047
No
نجات
مهدیه
110031947532846001048
110031947532846001048
No
محمد رضا
مشایخی
110031947532846001049
110031947532846001049
No
اکرم
قاسمی
110031947532846001050
110031947532846001050
No
محمود
تولایی
110031947532846001051
110031947532846001051
No
سیروس
زینلی
zeinali@kawsar.ir
110031947532846001052
110031947532846001052
Yes